奥塔哥大学有全新西兰第一所医学院，并且是南岛的医学研究中心，由于是第一个将试管婴儿付诸实际的医学中心，因此在世界上享有盛名。奥塔哥大学也有全新西兰唯一的牙医学校，其国际排名更是在前十名内，且为大洋洲第一名。此外，新西兰教育联盟金牌留学顾问李艳玲老师指出，该校也是南岛唯一有药学、理疗、医学实验等科系的学校。这所医学院至今依旧闻名，其入学的要求与一般大学相同，只要在大学入学考试中考过三个科目便能就读，因此每年吸引近千名学生来此地就读，在第一年学习一样的课程，然后依成绩决定往后的专业科系。
奥塔哥大学预科由澳大利亚名校新南威尔士大学与奥塔哥大学创立，这个课程为所有新西兰和澳大利亚大学和部分美国和英国大学认可并被认可等同于大学入学资格。
奥塔哥大学的生理，解剖等专业也是世界有名的，新兴科系如生化，基因工程，或者是基础科学如物理、化学、数学等也都有开课；另外还有商学和法学等科目，尤其是商学院，同奥克兰大学的商学院一样闻名于新西兰，每年都有百多位国际留学生来此地取得奥塔哥大学MBA的学位。
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